Le site de Clomot a été habité depuis des temps très reculés.

Le nom ancien Clos-Moux ou Clos Mol venant du Latin Clausum madidum signifie un endroit humide puisqu'il était entouré alors de 7 étangs.

En 1231 le Chapitre de Beaune cède la terre de Clomot au duc Hugues de Bourgogne.
C'est alors qu'est édifié par Jehande Roussillon un puissant château fort dominant l'étang dont il ne reste qu'une tour.

L'église édifiée depuis le XIIème siècle, est très intéressante par son abside en cul de four ornée de colonnettes élégantes.

A la même époque est édifié un autre château dit de Buxillon au lieu dit actuel "les Baudots" présentant une enceinte entourée d'un fossé toujours existant.

Puis à la fin du XIVème siècle Jehan de Roussay originaire d'Arconcey devenu chambellan du duc d'Orléans, fait construire cette maison forte à laquelle il donne son nom. Il s'agissait d'une résidence de plaisance en même temps siège d'une très vaste exploitation agricole. En effet les villages d'Essey, D'Arconcey, D'Allerey, de Mouillon, d'Avincey et de Chatellenot dépendent de cette seigneurie qui est érigée en comté.

Après des successions difficiles, Roussay échoit à la fin du XVIème siècle à la puissante famille de Damas qui possédait une grande partie de l'Auxois.

C'est alors que se déroula, au moment des guerres de religions la célèbre bataille de Clomot dite bataille d'Arnay opposant côté protestant l'Amiral de Coligny au Maréchal de Cossé Brissac côté catholique.

Les Protestants vainqueurs marcheront sur Paris où le jeune Prince de Navarre qui était à leur tête devint le célèbre roi Henri IV.

La croix au pied de laquelle furent ensevelis les morts dits de la Chaume de Rêtre à la ferme du Bas de Liard commémore encore cette fameuse bataille.
Mais le village eut à souffrir considérablement de ces exactions : l'église fut incendiée et les châteaux furent en partie détruits.

C'est alors que Clomot passe par succession entre les mains de Jean de Villerslafaye qui épouse en 1626 Madeleine de Bourbon-Busset de la puissante famille de Bourbon.

Il restaure alors le Roussay dans l'état où il est actuellement en se servant des pierres des ruines du vieux château de Buxillon.

Depuis cette époque la famille de Villerslafaye de très vielle noblesse d'épée dont la devise est " fidèle " marque de son empreinte le village de Clomot.     

Le dernier marquis de Villerslafaye, Raoul, mort en 1936 fut maire de Clomot pendant 50 ans, ce qui lui valut d'être décoré de la Légion d'Honneur.